地下水がひとたび汚染されると浄化が困難であり、自然環境に与える影響も広範囲に及びます。昭和50年代には、トリクロロエチレンやテトラクロロエチレン等の有機塩素化合物による地下水汚染が全国的に問題になりました。トリクロロエチレンは金属の洗浄や溶剤として、また、テトラクロロエチレンは金属メッキ、ドライクリーニングなどで多く使用されている物質です。
　環境基本法では、地下水を対象に人の健康を保護する上で維持することが望ましい基準として「地下水の水質汚濁に係る環境基準」を定めています。