地下1階のホワイエは、中庭をのぞむ窓ガラスから明るい光が差し込む開放的な空間で、椅子に座ってひと休みすることができます。
子どもたちに人気があるのが、ホワイエに展示されている小田急ロマンスカーの運転席（復元）です。昭和38年（1963）に登場して以来、小田急ロマンスカーの顔として活躍したNSE車の運転席を、実車の部品をもとに復元したもので、見るだけではなく実際に乗り込むことができます。

地下1階には常設展示室（有料）と特別展示室（特別展・協働企画展開催時のみオープン、有料）があります。
常設展示室には、江戸四宿の一つ内藤新宿の模型（120分の1の縮尺）ほか、新宿区の歴史を物語る貴重な展示がされています。